Se encuentra en grave peligro de extinción; antiguamente poblaba las aguas de todo el Mediterráneo y del Atlántico norteafricano, llegando a las islas de Cabo Verde, Madeira y las Canarias (donde daba nombre a la isla de Lobos) así como a toda la costa norteafricana.
Citada por primera vez en la Odisea de Homero, se han encontrado restos óseos de estas focas en cuevas de Málaga pertenecientes a los periodos Magdaleniense y Epipaleolítico hace entre 14.000 y 12.000 años.
Las marcas, fracturas y quemaduras detectadas en estos huesos indican que esa gente utilizaba a las focas no sólo por la carne sino también por la piel y la grasa.
Actualmente, las Islas Chafarinas, 27 millas náuticas al este de Melilla, son el único lugar de la costa española donde existe la especie, representada por uno o dos ejemplares. Hasta principios de los noventa vivía en estas islas el célebre «Peluso», un macho de avanzada edad que se haría popular tras una aparatosa operación de captura para liberarle de un aro de una red de pesca que le aprisionaba el cuerpo, y que murió posteriormente por causas desconocidas.
Los ejemplares que se avistan esporádicamente en la actualidad en las Chafarinas pertenecen a la exigua población argelino-marroquí que vive desde Orán hasta Alhucemas. Según recientes datos la población se habría extinguido al menos en las costas argelinas aunque no se descarta la presencia de algún ejemplar aislado en las costas marroquíes.
Sin embargo, el 17 de junio de 2008 apareció la noticia de que un ejemplar de la especie había sido fotografiado por un submarinista en la reserva marina de Isla del Toro (Calviá, Mallorca).
Hoy subsisten diversos ejemplares en Turquía, Grecia, Madeira, Mauritania; los animales no forman colonias estables debido a la gran dispersión de estos, y la investigación que se lleva a cabo se basa solo en los esporádicos avistamientos de algún ejemplar. En la península de Cabo Blanco (Sáhara Occidental – Mauritania) subsiste la última gran colonia de focas monje, descubierta en 1945 por el naturalista español Morales Agacino. La colonia está cifrada en unos 200 ejemplares, de un total mundial estimado en unos 500 individuos (estimación del año 2006).
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